Eindeutige Ursachen lassen sich bei frühen Fehlgeburten meist nicht feststellen. Man vermutet, dass in bis zu 75% der Fälle genetische Gründe bestehen, die in einer Anlagestörung des Embryos resultieren. Der Embryo entwickelt sich dann oft nicht mehr weiter und wird entweder mit einer Blutung abgestoßen oder endet als verhaltener Abort ohne Blutung.

Zu diesem Zeitpunkt ist oft nur eine Fruchthöhle vorhanden, während sich der Embryo noch nicht entwickelt hat und daher im Ultraschall auch nicht erkennbar ist.

Die häufig ursächliche Chromosomenanomalie ist jedoch nicht gleich bedeutend mit einer Erbkrankheit: in der Regel hat dies keine Auswirkungen auf eine mögliche zukünftige Schwangerschaft, da die Fehlverteilungen der Chromosomen zufälliger Natur sind und Wiederholungen nicht wahrscheinlich sind. Eine Fehlgeburt ist ein schicksalhaftes Ereignis ohne wesentliches Wiederholungsrisiko und daher wird erst nach mehreren Fehlgeburten (habitueller Abort) dazu geraten, die Ursache näher zu untersuchen.