Protein S wirkt zusammen mit Protein C und hat eine Hemmfunktion im Gerinnungssystem. Protein S wird hauptsächlich in der Leber gebildet. Bei Lebererkrankungen ist der Protein S-Mangel wesentlich geringer als der gleichzeitige Mangel von Protein C. Ein Protein S-Mangel ist ein bekannter Risikofaktor für eine Thrombophilie.

Mutationen im Protein S-Gen lassen sich heterozygot bei 2-5 % der Thrombose-Patienten nachweisen. Das Risiko für venöse Thrombosen ist um ca. das 10fache erhöht. Protein S-Mutationen haben von allen Thrombophilieformen den ausgeprägtesten Einfluss auf die Fehlgeburtsrate, sie erhöhen das Risiko der Anlageträgerinnen auf das etwa 14fache.